7–11 Oct 2024
Asia/Novosibirsk timezone

Якорный бутстреп для набора молекулярных последовательностей

Speaker

Вадим Михайлович Ефимов (ИЦиГ СО РАН)

Description

При бутстрепе набора молекулярных последовательностей, например, в филогенетических целях, желательно сохранять представительство каждой последовательности. В работах [1,2] предложен якорный бутстреп для отдельной последовательности элементов любого типа. Якорный бутстреп для последовательности отличается от классического тем, что в бутстреп-копии максимально сохраняется порядок следования элементов. Если применить метод к каждой молекулярной последовательности набора, то мы получим бутстреп-копию всего набора с сохранением как списка, так и длин последовательностей, которые могут быть различными.

Список литературы
1. Efimov V., Efimov K., Kovaleva V. Anchored Bootstrap //2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB). – IEEE, 2020. – С. 32-35.
2. Ефимов, В. М., Ефимов, К. В., Ковалева, В. Ю., & Матушкин, Ю. Г. Главные компоненты генетических последовательностей: корреляции и достоверность //Математическая биология и биоинформатика. 2021. Т. 16. № 2. С. 299–316. DOI: 10.17537/2021.16.

Секция конференции Численное статистическое моделирование и методы Монте-Карло

Primary author

Co-authors

Кирилл Ефимов (ВШЭ) Синьсинь Дин (НГУ) Вера Юрьевна Ковалева (Институт систематики и экологии животных СО РАН)

Presentation materials

There are no materials yet.